புங்குடுதீவு 10ஆம் வட்டாரத்தில் 1937ம் ஆண்டு புதியதோர் ஓலைக்கட்டிடத்தில் இவ் வித்யாலயம் உதயமானது. இக் கிராமத்தில் இப்பாடசாலை திருவாளர்கள் வைத்தியலிங்கம், கண்ணய்யா, சின்னதம்ம்பி ஆகியோரின் முயற்சியினால் ஆரம்பிக்கப்பட்டது. எனினும் இக்கட்டிடம் அடுத்த ஒரு வருடத்தில் கடும் காற்று காரணமாக தரைமட்டமானது. இதனால் கிராமப் பெரியவர்கள் மீண்டும் 1938இல் உருப்பெறச் செய்தனர். சைவ வித்யா விருத்திச் சங்க முகாமையாளர் திரு சு.இராசரெத்தினம் இப்பாடசாலையின் பொறுப்பை கையேற்றார். திரு சி.சின்னத்துரை ஆசிரியராய் முதலில் பொறுப்பேற்றார். கொழும்பு வாழ் அக்கிராம மக்களின் நிதி உதவியுடன் மிகுதி கட்டிடத்தையும் அமைத்துக்கொண்டனர். இப்பாடசாலையில் முதல் தலைமை ஆசிரியராக அளவெட்டியூர் விசுவநாதன் ஆசிரியர் நியமனம் பெற்றார்.
1944 இல் திரு நீ. சேதுபதி அவர்கள் அதிபராக பணி புரிந்தார். இதன் பின்னர் திரு. வை. கணபதிப்பிள்ளை அதிபரானார். இவ் வித்யாலயத்துக்கு உரிய காணி முழுவதையும் இவருடைய தந்தை திரு அ.வைத்தியலிங்கம் அவர்களே கையளித்துள்ளார். மேற்குப்பகுதியில் அமைக்கப்பட்டிருந்த இராஜேஸ்வரி சனசமூக நிலையைக்கட்டிடமும், அதன் காணியும் இவ்வித்யாலயத்துக்கு கையளிக்கப்பட்டது.
1962ம் ஆண்டில் அரசாங்க உடமையாக்கப்பட்ட இப்பாடசாலை உயர் வகுப்புக்களுடன் இயங்கியது. 1972இல் புதிய பாடத்திட்டத்திற்கு அமைய ஒரு ஆரம்ப பாடசாலையாக தரப்படுத்தப்பட்டது. திரு வை.கணபதிப்பிள்ளை அவர்களை தொடர்ந்து. திரு.நா.நடராச, திரு கா.சு.பொன்னம்பலம் ஆகியோர் அதிபர்களாக கடமையாற்றி உள்ளனர்.
14-09-1986இல் திரு செ.தனபாலசிங்ம் அதிபராக நியமனம் பெற்றார். இக்காலப்பகுதியில் 131 மாணவர்கள் கல்வி கற்றுள்ளனர். இப்பாடசாலையில் ஏற்ப்பட்ட இடப்பற்றாக்குறையை நீக்கும் முகமாக இக்கிராமத்தை சேர்ந்த திரு த.கிருஷ்ணசாமி அவர்களால் காணி வாங்கி கொடுக்கப்பட்டது. பின்னர் பெற்ற்றோர்களின் நிதி உதவியினால் பாடசாலையை சுற்றி மதில் அமைக்கப்பட்டது. ஆசிரியர் பற்றாக்குறையை நிவர்த்தி செய்ய தொண்டர் ஆசிரியர்கள் நியமிக்கப்பட்டு, பெற்றோர் ஆசிரியர் சங்கத்தினால் வேதனம் வழங்கப்பட்டது.
இராணுவ நடவடிக்கை காரணமாக 17-10-1991 இல் யாழ் நகருக்கு இடம் பெயர்ந்த இப்பாடசாலை 1992 இல் இடம்பெயர்ந்த புங்குடுதீவு பாடசாலையின் ஆரம்பப் பிரிவுகள் யாவும் ஒன்றிணைந்து யாழ் கந்தர்மடம் சைவ பிரகாச வித்யாலயதில் மாலை நேர பாடசாலையாக இயங்கியுள்ளது. திரு செ.தனபாலசிங்கம் இப்பிரிவுக்கு பொறுப்பாக கடமையாற்றியுள்ளார். பின்னர் தனித்துவத்தை பேணும் வகையில் தனக்கென தனி இடத்தைத் தேடிக் கொண்டன.
அந்தவகையில் புங்குடுதீவு ராஜேஸ்வரி வித்யாலயம், இருப்பிட்டி அமெரிக்கன் மிஷன் வித்யாலயம், அரியநாயகன்புலம் வித்யாலயம், சேர் துரைசாமி வித்யாலயம் ஆகிய நான்கும் ஒன்றிணைந்து யாழ் இந்து மகளிர் கல்லூரி விடுதிக்கு கட்டிடத்தின் ஒரு பகுதியில் தங்களது கல்விச் செயற்பாடுகளை மேற்கொண்டுள்ளன. இராணுவ நடவடிக்கை காரணமாக தென்மராட்சசி நோக்கி இடம்பெயர்ந்து திறக்கப்படாமல் இருந்த இப்பாடசாலை 2012 இல் புனரமைக்கப்பட்டு 2013 இல் இருந்து இயங்கிக்கொண்டு இருக்கின்றது.
