1925 இல் பெரியார் மார்க்கண்டு சோதிநாதர் அவர்களால் அவரது சொந்தக் காணியில் உருவாக்கப்பட்டதே இப்பாடசாலை.
இவரே இப்பாடசாலையின் ஆரம்பகால அதிபராகவும் திகழ்ந்தார்.பின்னர் சைவ வித்தியா விருத்திச் சங்கத்திடம் ஒப்படைக்கப்பட்டது.பின்னர் 1962 இல் அரசாங்கத்தினால் பொறுப்பேற்கப்பட்டது. 1925 இல் இருந்து 1971 வரை ஆரம்பப் பாடசாலையாக இயங்கி வந்த இப்பாடசாலை 1972 இல் பெற்றோரின் தீவிர முயற்சியினால் கனிஷ்ட மகா வித்தியாலயமாக தரம் உயர்த்தப்பட்டது. பல துறைகளிலும் சிறந்து விளங்கிய இப்பாடசாலையானது 1991 இல் இராணுவ நடவடிக்கை காரணமாக யாழ் நகருக்கு இடம் பெயர்ந்தது.
புங்குடுதீவு பாடசாலைகளுடன் இணைந்து முதலில் யாழ் சன்மார்க்க மகா வித்தியாலயத்திலும், பின்னர் பெரியபுலம் மகா வித்தியாலயத்திலும் பின்னர் யாழ் இந்து மகளிர் கல்லூரியிலும் இயங்கியுள்ளது. 1992 இல் இப்பாடசாலை தென்மராட்ச்சியில் உள்ள கெற்கலி பண்டிதர் குடியிருப்புக்கு இடம் மாற்றப்பட்டது. இங்கு கல்வி திணைக்களத்தின் உதவியுடன் தற்காலிக கொட்டகைகள் அமைக்கப்பட்டு கல்வி செயற்பாடுகளை சிறப்பாக செய்துள்ளது.
தீவகத்தில் இருந்து இடம் பெயர்ந்த மக்களுக்க்காக உருவாக்கப்பட்ட தற்காலிக குடியிருப்பு திட்டம் ஒன்றில் இப்பாடசாலை இயங்கியமை குறிப்பிடத்தக்கது. இக்காலப்பகுதியில் புங்குடுதீவு, வேலணைதீவு, மண்டைதீவு ஆகியவற்றை சேர்ந்த 1026 க்கு மேற்பட்ட மாணவர்கள் கல்வி கற்றுள்ளனர். இப்பாடசாலை 1992 இல் இருந்து 1996 வரை இதே இடத்தில் தமது கல்விப்பணியை மேற்கொண்டுள்ளது.
இதன் பின்னர் 1996 இல் மேற்கொள்ளப்பட்ட தென்மராட்சி மீதான இராணுவ நடவடிக்கை காரணமாக இங்கும் இப்பாடசாலை செயற்படுகள் செயலிழந்தன. புங்குடுதீவில் 1991 இல் மூடப்பட்ட இப்பாடசாலை இன்னும் அங்கு மீள்திறக்கப்படவில்லை.
